El Museo Catedralicio se encuentra ubicado en la antigua sala capitular donde los canónigos al servicio de la catedral mantenían sus reuniones capitulares o cabildos, y que abarcaba un pequeño oratorio y una galería acristalada que fueron suprimidas al ser adaptada para su nuevo uso. Esta transformación fue dirigido por el arquitecto y diseñador José Fernández Oyarzabal, siendo asesorado en el terreno artístico por el profesor de la Universidad malagueña Juan Antonio Sánchez López.
Desde 1997, la Catedral de Málaga cuenta con un museo al que el público puede acceder conjuntamente con la visita turística al templo. La colección allí reunida abarca tres modalidades generales: pintura, escultura y arte suntuario, repartida en dos salas dotadas de la climatización, iluminación y señalización pertinentes.
De estos fondos destacan la serie de tablas pintadas en el siglo XVI, tales como, La fuente de vida, o la Sacra Parentela, de autor anónimo, o la Piedad, del divino Morales. En cuanto a las telas sobresalen San Pablo ermitaño, firmada por José de Ribera , o La Dolorosa, de círculo murillesco, ambas del XVII. En cuanto a la platería hay una representación que abarca piezas desde el siglo XV al XX. En este apartado caben admirar portapaces, custodias y relicarios como los del Lignum Crucis de principios del XVI, o el de San Mauricio de 1564. Mención aparte merecen las dos cruces procesionales catedralicias, siendo una de ellas labor dieciochesca del maestro Damián de Castro.
La selección de esculturas contiene dos realizaciones de Pedro de Mena (1628- 1688), como son San Luis y San Pacual Bailón, así como un Niño atribuido a la familia Ribas. Entre los textiles se encuentran expuestos dos ternos del taller de Pedro Leguizano del siglo XVI, bordados en oro y sedas de colores.
